La presencia de cianobacterias tóxicas en abrevaderos y aguas de riego ha sido cada vez más reportado en todo el mundo, con consecuencias negativas para el ganado, animales de vida libre, y para la salud humana, vinculado esto a la ingesta de alimentos frescos contaminados, a la exposición directa o a través de aerosoles en reservorios contaminados. El objetivo del presente trabajo fue desarrollar un sistema de clasificación para agroecosistemas en riesgo por presencia de cianobacterias tóxicas y cianotoxinas, con su metodología de implementación. Se desarrollan protocolos y procedimientos de gestión para la caracterización del riesgo, el diagnóstico y monitoreo de agroecosistemas, validándolos inicialmente en 15 agroecosistemas del oriente de Cuba. Previamente se realiza la caracterización del riesgo en 24 embalses de abasto de agua usados para el desarrollo de la acuicultura, cría de ganado, riego y suministro de agua, clasificándose estos según un índice sintético de riesgo propuesto como herramienta de gestión. Se validan herramientas para la gestión y la caracterización del riesgo y evaluación de recursos vulnerables en 15 agroecosistemas, implementándose posteriormente en 44 agroecosistemas pertenecientes a las provincias de Guantánamo, Santiago de Cuba, Las Tunas y Camagüey. Como resultado de la aplicación de la herramienta para la clasificación y estratificación de dichos agroecosistemas por niveles de riesgo e impacto, se obtiene que en 6 agroecosistemas (14,5%) no existen evidencias del riesgo por contaminación con cianobacterias tóxicas, 7 agroecosistemas (16%) presentan un nivel de riesgo muy bajo (nivel 1); 13 presentan un nivel de riesgo bajo (29%); 9 agroecosistemas tienen un nivel de riesgo medio (nivel 3) (20%), y 9 tienen un nivel alto y/o muy alto (20,5%). Se constatan impactos en los agroecosistemas con mayores niveles de riesgo, relacionados con la salud animal y humana. Se diseñan sistemas de alerta temprana a partir de las singularidades de los ecosistemas analizados, tanto para agroecosistemas como para ecosistemas acuáticos proveedores del recurso agua. Se implementan acciones tempranas para el manejo de riesgos por presencia de cianobacterias tóxicas a partir de un diseño metodológico que considera la clasificación por niveles de riesgo e impactos de agroecosistemas y sus fuentes de abasto, implementándose un sistema de vigilancia y servicios científico-técnicos especializados para la gestión de este riesgo emergente. Queda demostrada la necesidad de incorporar prácticas inmediatas para enfrentar este riesgo con enfoque de una sola salud.