La explotación intensiva de los sistemas productivos urbanos afecta la salud de sus suelos y sustratos. Por tal motivo, es necesario valorar el deterioro de los mismos, donde el uso de la macrofauna como indicador biológico, permite un diagnóstico inmediato y aporta criterios acerca del manejo que se realiza en estos sistemas. El objetivo de este trabajo consistió en evaluar el nivel de degradación de los suelos y sustratos en huertos intensivos y organopónicos del municipio Boyeros, a partir de la macrofauna edáfica como bioindicador. Los macroartrópodos fueron recolectados por el método estándar del Programa Internacional de Biología y Fertilidad del Suelo Tropical (TSBF). Se determinó la abundancia de la macrofauna total, la composición funcional y el índice de diversidad. Se utilizaron las relaciones faunísticas Detritívoros/No detritívoros y Lombrices /Hormigas como indicadores. La abundancia de la macrofauna total y de los grupos funcionales difirió significativamente entre los huertos y en los organopónicos. Las relaciones mostraron la superioridad de organismos detritívoros y lombrices, con valores por encima de 1, en los sistemas menos antropizados como los bosques. En el huerto intensivo Álvaro Barba y los organopónicos Villena e INIFAT, el manejo favoreció el establecimiento de estos grupos. Sin embargo en el huerto Villena y el organopónico Transminaz, los valores estuvieron próximos a cero, dado por la mayor perturbación del medio. Los resultados sobre el comportamiento de los macroartrópodos y de las relaciones o balances de algunos de sus grupos, indicaron el nivel de degradación de los suelos y sustratos.