Los Organismos Genéticamente Modificados (OGM) generan un debate social que se ha traducido en legislaciones específicas para regular su autorización, uso y liberación intencionada. En Cuba, las autoridades nacionales competentes designan laboratorios, para la detección e identificación de OGM, que desarrollen ensayos analíticos evaluados y acreditados conforme con la NC ISO/IEC 17025: 2017. Los laboratorios que deseen acreditar sus ensayos bajo esta norma deben validar los métodos normalizados que sean utilizados fuera del alcance previsto o modificados; por tanto, la validación de estos métodos es un componente esencial que un laboratorio debe poner en práctica para producir datos analíticos confiables. La técnica o ensayo más utilizada para la detección de OGM consiste en la amplificación de secuencias de ADN, mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa en tiempo real (qPCR) de genes endógenos, promotores, terminadores y eventos específicos. Es objetivo del presente trabajo evidenciar la metodología del proceso de la validación de la técnica de qPCR cualitativa para la detección de OGMs, específicamente para el Maíz TC 1507 (detección del gen endógeno alcohol deshidrogenasa, promotor CaMV 35S, Terminador CaMV 35S y evento específico TC 1507) y la Soya GTS 40-3-2 (detección del gen endógeno lectina, promotor CaMV 35S, Terminador T nos y evento específico GTS 40-3-2) con el aporte del plan, el protocolo y el diseño experimental de la validación, desarrollado por los laboratorios de OGM del CENSA y el CICDC.