Con el objetivo de evaluar el control de la variabilidad genética como estrategia de prevención y salud en las poblaciones porcinas de Cuba, se utilizaron 91099 registros genealógicos de los genotipos CC21 (17719), Duroc (4416), Yorkshire (26775), Landrace (16451), L35 (2746) y Criollo (22992) que se encuentran insertados en el Programa Nacional de Mejora Genética y que nacieron entre los años 2006 y 2021. Todos los animales se mantuvieron bajo las mismas condiciones de manejo y alimentación a partir de piensos secos y con las normas establecidas. El sistema de apareamiento se basó en la monta natural a partir de la estructura de línea (Lg) y familia (Fg) genealógica que permitiera controlar el incremento de los niveles de endogamia en el rebaño. Se evaluaron los parámetros: coeficiente de consanguinidad (F), grado de organización del pedigrí (P) y la consanguinidad acumulada (Fa) a partir del programa de genealogía y consanguinidad GECO, Así mismo, se determinó la relación Fg/Lg y número de efectivos la cual se complementó con la información procedente del software Pedigree viewer. Se evaluaron las estrategias de mantener la existencia de todas y cada una de las Lg y Fg, así como garantizar nunca menos de 2 verracos por línea y 5 reproductoras por familia para el control de la F. Se determinó la factibilidad y puntos críticos que justificaría una importación de semen o material genético a partir del estado de variabilidad existente. Se determinó que una correcta política de apareamiento mantiene bajos niveles de F, reduce la posibilidad de estrechamiento familiar y con esto evita el riesgo de introducción de enfermedades procedente de material genético importado dada la actual situación epizoótica internacional. Se encontró que los genotipos Yorkshire, Landrace, Duroc, CC21, L35 y Criollos presentaron una relación Fg/Lg de 96/44, 27/23, 23/23, 8/10, 11/8, 21/9 respectivamente. Los valores de F, P y Fa fueron bajos y las medias obtenidas para cada raza fueron: Yorkshire (0.0009, 0.75 y 0.0029), Landrace (0.0034, 0.75 y 0.0096), Duroc (0.0010, 0.86 y 0.0039), CC21 (0.0010, 0.84 y 0.0018), L35 (0.0224, 0.67 y 0.0223) y Criollo (0.0044, 0.76 y 0.0105). Se concluye que los rebaños genéticos en Cuba poseen bajo nivel de consanguinidad y alta variabilidad genética lo que permite contar con una correcta estructura como requisito para el fomento de un crecimiento de la masa. La determinación de los indicadores F, P y Fa permiten el establecimiento de los planes de apareamiento y con esta el fomento de nuevas estrategias. Se demostró que el control de la variabilidad genética constituye una herramienta para la prevención y control sanitario en poblaciones porcinas en Cuba.